El edificio en el que se ubica el Museo Municipal de Baza ha albergado el Ayuntamiento de la ciudad durante más de 450 años, uso para el que fue construido entre 1530 y 1539, si bien no fue terminado definitivamente hasta 1590, durante el reinado de Felipe II, tal y como reza en una lápida conmemorativa de su fachada principal. Arquitectónicamente, se enmarca dentro del Renacimiento, destacando en él su pórtico con tres arcos de medio punto, y dos bellos artesonados, uno (un alfarje) cubriendo el techo del pórtico, y otro, en el Salón Capitular, levantado sobre el anterior. Otros elementos de interés del edificio, aunque no propiamente arquitectónicos son el Escudo Real de Felipe II, y una pequeña capilla retablo, ambos igualmente situados en el Salón Capitular.

El edificio, restaurado en 1987, dejó de cumplir sus funciones como Ayuntamiento, pasando a albergar una primera fase del actual Museo, así como diferentes oficinas municipales, hasta su conversión definitiva e íntegra como sede del actual Museo Municipal de Baza en 1998